Handan Aksünger-Kizil ist seit 2018 Professorin für Alevitisch-Theologische Studien an der Universität Wien. Von 2014 bis 2018 war sie als Juniorprofessorin für das Alevitentum an der Akademie der Weltreligionen an der Universität Hamburg tätig, wo sie 2014 bis 2017 stellvertretende Direktorin der Akademie der Weltreligionen war.
Vom Wintersemester 2015/16 bis zum Sommersemester 2018 leitete sie den BA-Teilstudiengang Alevitische Religion im Lehramt Primar- und Sekundarstufe I und entwickelte den anschließenden MA-Teilstudiengang Alevitische Religion .
2011 promovierte sie zum Thema Jenseits des Schweigegebots. Alevitische Migrantenselbstorganisationen und zivilgesellschaftliche Integration in Deutschland und den Niederlanden im Rahmen eines deutsch-niederländischen DFG-Graduiertenkollegs an der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster. Seit 2009 erteilt sie Lehraufträge an den Universitäten Münster, Duisburg-Essen, Innsbruck und der Pädagogischen Hochschule Weingarten.
Seit 2005 ist sie als ehrenamtliche Referentin für das Alevitentum an den Deutschen Evangelischen Kirchentagen engagiert und vielen anderen Dialogrunden engagiert.