Mit Hilfe der Bioinformatik können ermittelte DNA-, RNA- oderAminosäuresequenzen hinsichtlich Struktur und Funktion schnelleingeschätzt werden; das spart Kosten und Zeit bei weiterführendenExperimenten im Labor. Das vorliegende Buch gliedert sich in einen RNA- und einen Protein-Teil. Je ein Kapitel führt das biologische Thema der Strukturvorhersageinklusive biophysikalischer Grundlagen der Vorhersagemethoden ein. Folgekapitel gehen auf die informationstechnischen Methoden mit einemmöglichst kurzen Beispiel ein, stellen den meist komplizierterenAlgorithmus zur Lösung des biologischen Problems vor und diskutieren zumAbschluss mindestens eine Implementation und damit erzielbare Ergebnisseanhand eines biologischen Beispiels. Das Buch ist gleichermassen für Biologen und Informatiker relevant, daes sowohl einen Überblick über die aktuellen Möglichkeiten derStrukturvorhersage gibt als auch den Einsatz von unterschiedlichsteninformationstechnischen Methoden in der Biologie demonstriert.
Inhaltsverzeichnis
Strukturvorhersage von Nukleinsäuren. - 1. Struktur und Funktion von RNA. - 2. Kooperative Gleichgewichte in doppelsträngigen Nukleinsäuren. - 3. Graphen und Alignments. - 4. RNA-Sekundärstruktur-Vorhersage per Graphentheorie. - 5. RNA-Sekundärstruktur-Vorhersage per Informationstheorie. - 6. RNA-Sekundärstruktur-Vorhersage mit Genetischen Algorithmen. - 7. RNA-Sekundärstrukturfaitung. - Strukturvorhersage von Proteinen. - 8. Protein-Struktur. - 9. Energetik von Protein-Strukturen. - 10. Protein-Sekundärstruktur-Vorhersage. - 11. Qualität von Vorhersagen. - 12. Vorhersage von Transmembran-Helices per Hidden-Markov-Modell. - 13. Protein-Sekundärstruktur-Vorhersage per Neuronalem Netz. - 14. Proteinfaltung mit ab-initio-Methoden. - 15. Inverse Proteinfaltung Threading . - 16. Proteinfaltung per Homologie-Modellierung. - Index zu Programmen.
