Arnold Werner-Jensen wurde am 8. Juni 1941 in Innsbruck geboren. Er studierte von 1959 bis 1965 Schulmusik und Dirigieren an der Musikhochschule Frankfurt am Main sowie Germanistik an der Goethe-Universität Frankfurt, später dann Musikwissenschaft und Kunstgeschichte mit Promotion zum Dr. phil. bei Ludwig Finscher, ebenfalls an der Universität Frankfurt.
Ab 1963 unterrichtete er als Gymnasiallehrer und schrieb Musikkritiken für das "Darmstädter Echo". 1975 erhielt er den Ruf auf eine Professur für Musikerziehung an die Pädagogische Hochschule Heidelberg. 1993 wechselte er mit den gleichen Aufgaben an die Pädagogische Hochschule Weingarten.
Arnold Werner-Jensen veröffentlichte zahlreiche Bücher zur Musik: Neben einer Reihe musikpädagogischer Publikationen erschienen von ihm mehrere Konzertführer sowie ein "Buch der Musik" im Reclam-Verlag. Im Rahmen der Hindemith-Gesamtausgabe gab er zwei Bände mit Orchestermusik heraus. Zudem konzertiert er regelmäßig als Pianist und vor allem als Cembalist solistisch und mit verschiedenen Partnern.
