Nacido en Boston (Lincolnshire, Inglaterra). Quedó huérfano de padre siendo muy joven. Su madre contrajo nuevo matrimonio. A los dieciséis años de edad ingresó en la Universidad de Oxford, donde causó impresión por la seriedad de su vida y comportamiento. En 1543 fue nombrado fellow de Magdalen College. Entre sus amigos íntimos contaba a Hugh Latimer (1485-1555), que murió mártir. Eligió los estudios de historia religiosa con vistas a analizar el progreso y la decadencia de la Iglesia de Roma. A los treinta años de edad había leído los escritos de los Padres griegos y latinos, las disputas de los escolásticos, las actas de los concilios y todo lo relacionado con la historia eclesiástica. Además de ello estaba familiarizado con las Escrituras en sus idiomas originales.
Estos estudios le llevaron hacia el protestantismo. Sospechoso de herejía creyó conveniente dejar Oxford. Su padrastro airado le desheredó por completo y se vio obligado a aceptar el cargo de tutor de la familia de Sir Thomas Lucy de Warwickshire. En ese tiempo contrajo matrimonio con Agnes Randall y se trasladó a Londres, donde después de muchas privaciones encontró otro puesto de tutor de los hijos huérfanos de Henry Howard, Earl de Surrey, ejecutado en 1547, y nietos del duque de Norfolk.
En 1550 fue ordenado diácono de la Iglesia Anglicana, en una ceremonia oficiada en la catedral de San Pablo por el obispo reformado Nicholas Ridley (1500-55), abrasado vivo en la misma hoguera que Latimer con la llegada al poder de la reina católica María. Entonces el fanático obispo Gardner intentó apresar a Foxe, pero gracias al joven duque consiguió huir al continente.
En Estrasburgo (Francia) entabló amistad con Edmund Grindal (1519-83), que llegaría a ser Arzobispo de Canterbury. Este le entregó un manuscrito en latín narrando las persecuciones de los reformadores protestantes desde el día de Wycliffe y Huss hasta su día. Iba a ser el punto de arranque de su libro sobre actas y monumentos de mártires. En Frankfurt conoció a John Knox, el reformador escocés. En Basilea pasó momentos de extrema pobreza y trabajo como corector de pruebas en la imprenta del editor protestante Johan Herbst o Oporinus, que le dejó tiempo para sus propios escritos.
De regreso a Londres en 1559 rechazó cargos de importancia eclesiástica para dedicar su vida por completo a la obra pastoral y literaria, así como a la correspondencia con los hombres notables de Inglaterra y el resto de Europa. El día 20 de marzo de 1563 vio la luz pública la primera edición de The Acts and Monuments, más conocido como El libro de los mártires. Se publicaron cuatro ediciones en vida del autor. Es un libro de suma importante desde el punto de vista de testimonio de una fe que generó más mártires que todas las generaciones precedentes juntas.
Foxe basó sus relatos de sobre mártires anteriores a la Edad Moderna en escritores antiguos, entre ellos Eusebio, Beda, Matthæus Parisiensis, y muchos otros. La contribución propia de Foxe fue su compilación de los mártires ingleses de la época de los lolardos durante la persecución de María I. E este caso Foxe tenía fuentes primarias de todo tipo en registros episcopales, informes de pruebas, actas y el testimonio de numerosos testigos presenciales.
Cuando una plaga o epidemia se extendió en Londres en 1563, Foxe permaneció fiel en su puesto ayudando a todos los que pudo, especialmente a los pobres. Tolerante y de corazón generoso su influencia llegó a la misma reina Elizabeth, para confirmarla en su intención de acabar con toda ejecución por motivos religiosos. Tanto fue el respeto que la reina sentía por él que, cariñosamente, le llamaba "nuestro padre Foxe."
Murió el 18 de abril de 1587, en su setenta cumpleaños, después de una dolorosa enfermedad. Su esposa le sobreviviría dieciocho años, murió en 1605.
