Die Stadtkirche St. Michael diente sowohl vor- als auch nachreformatirisch als Jenaer Stadtpfarrkirche. Zugleich war sie ab 1301 Klosterkirche des durch die Herren von Lobdeburg begründeten Jenaer Ziesterzienserinnenklosters und erfüllte so bis zur Auflösung des Klosters 1525 und dem allmählichen Aussterben der im Michaeliskloster verbliebenen Nonnen eine geistliche Doppelfunktion. Diese Doppelfunktion setzte sich in einer anderen Konstellation fort, als ab 1548in dem ebenfalls 1525 aufgehobenen Jenaer Dominikanerklosterdurch die ernestinische Landesherrschaft eine Hohe Schule errichtet und Anfang 1558 als Universität eröffnet wurde. Der Umbau der Dominikanerkirche zum Kollegienhaus mit Studentenwohnungen (1557-1559) sorgte dafür, dass St. Michael das geistlich-Theologische Zentrum der neuen Universität mit Gottesdienst und Universitätspredigt, aber auch mit den Kasualien aller Universitätsangehörigen und ihrer Familien von der Taufe bis zur Bestattung, wurde.
Die Tatsache, dass St. Michael mit der Grabplatte Martin Luthers, als Zentrum der Städtischen Reformation in Jena und als Schauplatz lutherischer Polemik gegen die radikale Reformation auch ein prominenter reformatorischer Ereignis- und Erinnerungsort war, kam dem Selbstbewusstsein der Universität entgegen, dass neue , ja das bessere Wittenberg zu sein. Auch als die Kollegienkirche ab 1594 wieder zur Kirche zurück gebaut wurde und fortan als Ort von Predigt, akademischen Akten und Professorenbestattung diente, erfüllte die Stadtkirche weiterhin vielfältige gottesdienstliche Funktionen für die Universität.
