Christoph Markschies studierte evangelische Theologie, klassische Philologie und Philosophie in Marburg, Jerusalem, München und Tübingen Seit 1994 habilitiert lehrte er als Professor für Kirchengeschichte in Jena und Heidelberg. Seit 2004 Professor für Ältere Kirchengeschichte an der Humboldt-Universität zu Berlin, deren Präsident er seit 2006 ist. Als ordinierter Pfarrer predigt er regelmäßig in Berlin.
