Josef Naef studierte zunächst Betriebsökonomie. Danach folgte die Gründung und erfolgreiche Führung eines Softwareunternehmens. Nach dessen Verkauf studierte Josef Naef Philosophie, Religionswissenschaft und Soziologie. Es folgte ein Master als Philosophielehrer sowie das Doktorat in Philosophie. Bis zu seiner Pensionierung war Josef Naef Professor an einer Schweizer Fachhochschule für Wirtschaftsphilosophie und Ethik. Seit der Pensionierung arbeitet Josef Naef als philosophischer Lebensberater.